Видеоигра по мотивам оригинального сериала Neon Genesis Evangelion, основной игровой персонаж — Икари Синдзи. Действие развивается в альтернативном мире, представленном в двадцать шестой серии оригинального сериала через несколько мгновений после показанных в нем событий. Игрок решает, как будет жить Синдзи, как сложатся события в его жизни. История начинается с атаки третьего Ангела. В зависимости от совершаемых игроком действий и принимаемых решений меняется и результат.