В тексте есть мнение Тони, почему такое вряд ли возможно. Плюс не забывайте, что Старк еще рассматривается как Мститель, ссориться с ним у Фьюри резона нет. Он в любом случае нашел бы способ его убедить без такой явной лжи.

Так-то да, об этом даже вскользь упоминается в тексте, вот только название организации он в тот момент мог и упустить, просто запомнив для себя что какое-то гос. агентство.