Инквизиция - карательный орган церкви. И карает противников церкви.
Вот кто в конкретный исторический период является основным врагом - того и карает в первую очередь.Не забывая остальных.
А мы не забываем, что там тоже люди работали - со своими тараканами, что не могло не влиять.
(ср.деятельность ЧК и всех последующих аббревиатур)