«Вообще, его положение в Академии с самого начала было странным и несколько алогичным: будучи самым юным, ему чуть ли не с первых дней в очередной раз пришлось взять на себя роль лидера.»
Вообще не обособляется, то есть не ставят после него запятую. Деепричастный оборот («будучи...») не цепляется к безличному предложению, за подробностями в гугл.

«подход к, порою, по-настоящему» две лишние запятые вокруг наречия, порою ни в каком значении не вводное слово.

«учиться использовать свой возросший авторитет, или же на многое закрывать глаза» лишняя запятая между однородными сказуемыми с одиночным союзом.

«старательно припоминал малейшие подробности, и размышлял над разговором»
Аналогично лишняя запятая.

«те, кто сражался в битве за Хогвартс и те» запятой не хватает после Хогвартса, там конец придаточного определительного.

«или, по крайне мере» опечатка, крайней

«если он, всё же, изредка заговаривал с кем-то» лишние запятые при всё же.

«потому что для всех, он» и ещё одна лишняя запятая в том же предложении.

«пришло в голову уточнить, котором из двух мест тот ему говорил» о котором?

«Грозный Глаз был, всё же, первоклассным оперативником» и снова лишние запятые при "всё же"

«и даже показать всё необходимое так, что его понимали даже самые не гибкие разумом» два даже в одном предложении, лексический повтор.

«мы перешли на продвинутый курс трансфигурации и, кажется, он понимает её лучше меня» запятой не хватает перед "и", сложноподчинённое предложение.

«Гарри, порой, невероятно хотелось спросить» лишние запятые при наречии "порой".

Словом, тенденция должна быть ясна, пунктуация аховая и не везде списывается на случайность или невнимательность, некоторые ошибки для вас стабильны. Не думайте, что дальше текст волшебным образом само-корректируется, просто я не хочу весь фик дербанить на цитаты с ошибками-опечатками и перейти к содержанию.