На мой взгляд, пусть они и связаны, но это не критично - я прочитал Систему только в ожидании проды к Иному, и это не помешало до этого все понять по ходу сюжета. Влияние не более существенно чем у других побочных фендомов типа Старкрафта или Чужих. Можно разобраться по ходу.

Вообще, если вспомнить собственно Хоумстак, там до последнего момента устройство мира продолжает рвать все шаблоны. Типа внезапной возможности достать из кошелька машину (что никого не удивляет). Я даже не уверен, есть ли у персонажей-людей руки... В какой степени игровые правила интегрированы в их повседневную жизнь? В общем, к непоняткам вполне можно относится спокойно, иные белые пятна естественно заполняются по ходу повествования. Сеттинг столь всеобъемлющий, что там вполне могла бы происходить любая дичь. Все эти "Системы" вполне вписались бы в канон.