В смысле, почему Северус просто не проник в сознание Гарри?
Потому что он не имел представления, как именно Поттер все организовал в своем сознании, чтобы запереть магию. Взламывая его сознание, а это был единственный возможный путь, учитывая, что Поттер в коме, можно было с легкостью помешать ему контролировать магический потенциал. Это как любитель решит посмотреть, как устроена бомба. В результате будет "Бух!" и все.