>Ё, знаки препинания, из очевидного.
Кому очевидного? Ё на сегодняшний день употребляется в детских книгах, книгах для иностранцев и в личной переписке фанатами - вопрос не шибко актуален. Помимо этого, употреблять не рекомендуется, кроме написания имён собственных. Про знаки препинания - попробуйте сперва устриц, всё там удобно.
>Где я ошибся в том, что такое фонема?
"Ь и й совпадают по фонеме". На редкость безграмотно сказано.
>В написании? Нет.
В произношении. И таких случаев не так уж мало.