>Фонемы и буквы же не связаны жёстко
Третий раз: буква "ь" вообще не может быть связана ни с какой фонемой. Независимо от того, как связаны с фонемами другие буквы - действительно, не жёстко.
>Одна и та же буква "о" в словах "комар" и "конь" означает две разные фонемы.
В слове "комар" это называется "гиперфонемой", в транскрипции отображается как a/о.
> Вот и с мягким знаком также, в одной позиции он означает палатализацию предыдущего согласного, в другой йотацию последующего гласного.
1 бывает отдельно от 2, а вот если есть 2, то есть, как правило, и 1.
>Как выкинуть твёрдый знак, я не придумал.
Но потрогать работающую систему уже не забыли.