Ну-у, оно, конечно, несправедливо, но не совсем. "Не вмешивайтесь, люди, во время, не по вашим это силам". Формально Гермиону, конечно, наказало не время. Но с какой-то стороны ей должно было прилететь за то, что она попыталась изменить историю, пусть и с самыми благими намерениями. С ее стороны это больше похоже на нанесение порядка и причинение добра, а не на благие намерения. Как по мне.)
Но, конечно, с другой стороны, это могла быть очень неприятная случайность. Мелочь, повлекшая за собой кошмар для нее - и прежний ход истории для остального мира.