Ну тут и по канону ясно: сам же Дамблдор его попросил защитить душу Драко. Да к тому же после подозрительных упреков Беллы, Снейпу ничего не оставалось, как согласиться на предложенный Нарциссой непреложный обет. А Ваша мысль, думаю, тоже отчасти верна: всё-таки он был славный парень, этот Снейп, хоть и чертовски вредный :)