Ну, Скалли не Малдер, все-таки, потому, несмотря на опыт, она достаточно часто ошибается а мелочах. В дуэте Малдер/Скалли Малдер всегда играл роль генератора идей и необычных решений, когда Скалли выступала "голосом разума" и предпочитала консервативный подход. Проблема в том, что в фике Скалли недоступны обычные для нее методы, а Малдера рядом нет. Вот и приходится ей выкручиваться в несвойственной для нее роли импровизатора.
Я так понимаю, что так и есть (насчет Лили и ее альтер-эго). К тому же, Скалли всегда была прямой как шпала: это Малдер изворачивался за двоих. Так что, все нормально с ее образом.