У меня такое ощущение, что система "Фанфик в файл" не ведает, что текст, присутствующий на фикбуке, имеется также и на фанфиксе, так сказать, нативно. Понимаю, что для такого отслеживания есть некоторые сложности (например, ник на фикбуке у меня из-за технических ограничений немного отличается от здешнего), но... Когда я переезжал сюда с фикбука, я же делал кросс-ссылку согласно инструкции. А такие ссылки, по идее, можно было бы программно обрабатывать и исключать дубли.