Я с вами согласен, тот способ что используется в каноне обходится как вы и сказали. И, кстати, в каноне об этом так и говорят.

А)-Ты, например, не спросил меня, какое моё любимое варенье, чтобы убедиться, что я в самом деле профессор Дамблдор, а не обманщик под его личиной.
— Я не… (...)
— На будущее имей в виду, Гарри, — малиновое… Хотя, конечно, будь я Пожирателем смерти, я бы заранее выяснил, какое варенье мне больше нравится.

Б) Этот случай более показателен - ибо персонажи иного интеллектуального уровня:
— Всё-таки я не понимаю, почему мы обязательно должны повторять всю эту чепуху каждый раз, когда ты возвращаешься домой? — сказала всё ещё розовая миссис Уизли, помогая мужу снять плащ. — Ведь если бы это какой-нибудь Пожиратель смерти притворился тобой, он вполне мог заранее силой вырвать у тебя пароль!
— Я знаю, дорогая, но процедура одобрена Министерством, и я должен подавать пример.

Идея-то с вопросом неплохая. Но в каноне чиновники министерства забыли об одной важной детали. Вопрос должен постоянно меняться, и тот, у кого спрашивают не должен знать заранее что именно у него спросят!

Враг может наизусть выучить любимые варенья Дамблдора, его привычки и т.п. Но все равно есть шанс проколоться - ибо они не могут выучить всю биографию "поддельного" человека.

В данном фанфике, кстати, вопросы случайные. Вот, например, в главе V у Сириуса спрашивают, какая половица в гостиной отличается от остальных. Кто бы ни подделывал его - вряд ли он искал в памяти Сириуса про половицы (правда, Кассиопея допустила небольшую ошибку - Сириус не единственный Блэк).

Что касается крайней главы - то там, когда Гарри II (новый) беседует с Гарри I, то Гарри II устраивает проверки чтобы снизить подозрительность своей копии - и чтобы тот не начал сам устраивать проверки. Ибо можно засыпаться. Все бы ничего, но биографии Гарри II и I отличаются и поэтому Гарри II задет те вопросы, на которые оба достоверно знают ответ.

Идея с просмотром всех воспоминаний неплохая, но только если встреч двух людей было мало (и то можно засыпаться на вопросе о ком-то третьем, известным обоим). Но если люди общались годы и годы, то для просмотров воспоминаний потребуется слишком много времени.

Идея с легилиментом уровня Снейпа - неплохая. Но, как показывает канон, чтобы избежать такого чтения достаточно позаниматься около двух месяцев у хорошего преподавателя.