А почему должен? Он же не Живоглот. Мало того, что Люпин "не в форме" (еще не обратился, но полнолуние близится - если я правильно помню канон), так еще и считает Хвоста погибшим. Если бы он в чем-то подозревал подростков (как это обычно проделывал Снейп), то возможно и обратил внимание на запах. А в данный момент его интересовали только последствия воздействия дементоров на учеников, в частности на Поттера.