Почему не может? Может.
Только вот Люпин уверен, что Петтигрю мертв. Поэтому, даже если он и слышит от Рона знакомый запах, то никак не может подумать о восставшем из мертвых Питере. Скорее, он ловит себя на мысли, вроде: "Знакомый запах. Надо же! Еще кто-то пахнет, как Питер". Конечно при условии, что он помнит еще, как пахнет Питер в анимагической форме.