>но замена клавиатур и издержки от переучивания людей (а моторную память ломать - это не кот начхал) явно влетят в копеечку

Спасение утопающих — дело рук самих утопающих. Большая часть клавиатур не в госучреждениях (% А что касается переучивания, то по сообщениям тех, кто пробовал альтернативные раскладки (я общался с теми, кто тестирует кириллические раскладки, но думаю, на латинские это тоже распространяется) переучивание занимает около недели-двух (но обратная совместимость теряется).

>У каждой из них свои функции

Это нам по привычке кажется. Но серьёзно — йотирование и палатализация в современном русском языке связаны и перетекают друг в друга. "Й" в составе "е", "ё", "ю" и "я" смягчает согласные, а "ь" в своём разделительном положении йотирует гласные. А спутать их, заменив одной буквой, невозможно. Зато путаница между палатализацией и йотированием исчезнет.