Никогда не задумывалась над этим, но стало интересно. Гуглеж выдал следующее:
Это один из народных обычаев Японии, называемый ENGACHO（えんがちょ）.
EN значит “отношение/связь”.
GA значит “~есть”.
CHO значит “звук режущих ножниц”.
(Все вместе "Разрезать соединение")
Другими словами, это непонятный акт разрушения связи с людьми и вещами, которые тебе не нравятся.

В общем, это один из детских ритуалов по типу "клятвы на мизинчиках". Только в данном случае цель - отвести неудачу, разрушить чары или отмыться от мерзкого. Дедуля помог ей.

Источники: https://ninja-hub.com/question/hand-gesture-in-spirited-away/ и ссылка на более подробное объяснение, на английском (https://nichigopress.jp/learn/jpculture/71410/), я написала, как поняла :)