Тут может быть другая ситуация. Иногда ситуация так складывалась, что у человека было реально две фамилии (чаще всего у крестьян. Отсутствие у них фамилий - это миф. Фамилии были, просто не всегда фиксировались в документах). Когда в населённом пункте становилось слишком много людей с одной фамилией (да ещё и тёзок, что и в пределах одной семьи встречалось), в ход шли прозвища, от которых образовывались новые фамилии. Но в предыдущей РС стояла старая фамилия. В новой могли записать под ней же, а если чиновник был усерден, то и вторую рядом указывал.

Но я сейчас говорила не о разных фамилиях, а об орфографических ошибках в них. Скажем, тот, кто составлял БД, ошибся в прочтении и вместо "Байков" написал "Бойков". А другой не ошибся, и вот документы одного человека расползлись по двум. А третий правильно прочитал фамилию, но неверно - год рождения. Вот ещё фантом появился. (На ППК один и тот же человек указа как родившийся в 1807, 1808 и 1829 гг. Ссыль ведёт на одну и ту же страницу МК. И таких случаев там тысячи)

Человеческий фактор.