Из того, что дедушка в каноне не наказывает кого попало, не следует, что он этого не умеет. Дедушка старый, дедушка исследованиями с высшей лигой ученых магмира занимался и с высшей лигой злодеев магмира бился. Что ему хогвартсовские хулиганы... мелочь, которой он позволит существовать ровно в определенных рамках и пределах.
Другое дело - что у него в этом смысле достаточно широкие рамки и пределы. Как по мне - что-то слишком широкие. Но - Филча в каноне никто не трогает. Либо в каноне это не отражено просто, либо трогать его чревато.