rufina313 , собственно, я не спец по Новому Времени (я занимаюсь как раз Средними Веками), но, насколько помню, дело было в том, что в ходе пертурбаций XIV-XV веков Церковь как таковая очень ослабла. Мягко говоря, она перестала быть авторитетом. Страны, которые сохранили религиозность (Испания, Франция) на самом деле не подчинялись Папе, но управляли им (Франция - так и буквально, вспомните авиньонское пленение). В этот период папам подчинялась только Италия - и, собственно, там вполне цвели и магия, и алхимия (некоторые папы ими и занимались); карали только уж совсем зарвавшихся еретиков типа сатаниста Бруно, или фанатика Савонаролы - причем больше потому, что они рушили стабильность, угрожали государству.
А жгли в основном где? Жгли в Германии и Швейцарии. Там, где родился (запрещённый, кстати, Римом) трактат "Молот Ведьм" и где рванула Реформация, народная вера и народная же церковь. Потом начали жечь в протестантских районах Франции и в Англии.
Ну и в Испании, которая слала Рим лесом-полем настолько, что назло печатала запрещённые Папой книги, тоже жгли. Но там, кстати, Торквемада был знатоком алхимии и естественной магии, так что всё чуть сложнее - под репрессии попадали протестанты (опасные опять же для государства), уклонившиеся в иудаизм выкресты, муже- и скотоложцы, а вот колдуны/ведьмы как раз почти никогда не получали тяжелых наказаний...