ReFeRy, смотри последний раздел книги! Он как раз говорит о том, что структуру кода так менять можно! 12-я глава, "крупные рефакторинги" :)

Но процесс долгий. Зато на каждом шаге код программы остаётся рабочим, а это сам по себе ценно.