grey_area, да в общем-то нет.
Так и так "не участвуешь в государственном культе - будем убивать".
Вопрос в том, что первая позиция вообще не предлагает свободы совести, поскольку хочешь ты, не хочешь, веришь ты, не веришь - в государственном культе участвуешь. Или дохнешь.

А вот сама по себе позиция "ваши боги - плод вашего воображения/обманувшие вас демоны" как раз более прогрессивна философски.