Помнится мне, с двемерских машин можно было собрать камни душ. Есть теория о том, что двемеры наполнили эти камни своими душами и стали теми самыми центурионами и сферами, которых мы встречаем в руинах, таким образом получив якобы бессмертие. Но я больше склоняюсь к тому, что они переместились в другое измерение через портал. Кстати, в Скайриме при достижении уровня мастера в магии иллюзии (или колдовства, точно не помню) появляется цепочка квестов у одного нпс из гильдии магов. Ему нужно помочь отыскать двемерские штуки для исследований, очень уж его волнует тема исчезновения двемеров.
*Ща может спойлер быть.* В конце концов, после последнего задания ему является какое-то видение, затем он сам открывает портал и исчезает вслед за двемерами. Навсегда. В общем, мне кажется, разрабы сами не хотели раскрывать нам эту тайну, так что пусть оно так и будет. Наверное :)