Лайфхак (требуются прямые руки и программа Calibre): загоняете все проблемные файлы, и fb2, и epub, в эту программу и там редактируете их метаданные: автор, название, год, жанр (там тэги для этого), сохраняете в том формате, какой захотите, и с тем названием файла, какое настроите в Калибре (там есть такая опция -- переименовать файлы по тому шаблону, который вы создадите).
Единственное, что может в итоге потеряться в файлах -- это деление на главы.