ReFeRy, лучше всего обе. В шапке есть и другая информация, по ней можно определить, о чем именно речь.
Хотя вариант с Гермионами из разных миров лично мне кажется достаточно редким частным случаем. А уж вариант, когда одна из Гермион в пейринге, а другая - нет, тем более, хотя все, конечно, может быть.
Кстати, вариант с одноименными персонажами из разных миров часто встречается в Треке, например. И тут уже дело не в пейрингах, это просто разные персонажи. И их чаще всего указывают дублями, если они всем составом в тексте и если они дублями в систему забиты (как здесь и на фикбуке).