1. Масштаб. Может быть, гостиная Гриффиндора и комната первачков такой невеликой площадью на карте отображалась, что все имена сливались в невнятное пятно, делая невозможным прочтение.

2. Уровни доступа пользователей. Питер Петтигрю - один из создателей карты, так что знает как и может спрятать себя на ней. Или карта просто не отображает "разработчиков", когда в руках её держит "не свой".
А Поттер - "свой", ему можно видеть всё и всех.