Насчёт поглавных комментариев.
Я думаю, физически текст хранится одним куском, вот в чём загвоздка. А на главы бьëтся уже в процессе вывода, по тэгам заголовков. Вот Реф и не может придумать, как в общем тексте комментарии привязывать к кускам. Название главы изменчиво и, теоретически, не уникально, а других зацепок нет.