Ну, Гермиона ссылается на Ежедневный пророк, а его правдивость известна. Могли и сознательно дезинформировать, испугавшись уязвимости хранилища.
Если надо для сюжета, то можно предположить много чего. Что были маховики в других помещениях Отдела Тайн, до которых не добрались участники сражения. Что существовал один или несколько маховиков, выданных кому-то на руки (например, бывшим начальникам Отдела Тайн при отставке). Что правила их постройки известны, и умелец и без Министерства может сработать маховик самостоятельно. Что у кого-то из старых семей хранится артефакт, принадлежавший предкам во времена, когда это можно было держать дома (если предположить, что сейчас они под полным контролем министерств), и утаенный потомками. Что маховики существуют в министерствах других стран, и нужный вам герой смог договориться с тамошними чиновниками.