Гонконг, США
Режиссёр: Кевин Манро
Семья Черепашек-Ниндзя фактически распалась: Леонардо, который долгое время являлся лидером черепашек, ушёл от своих братьев и от приёмного отца Сплинтера в джунгли Южной Америки в поисках самого себя. Здесь его знают как «Призрака Джунглей», который карает злодеев и защищает местных жителей от бандитов. Здесь же его встречает Эйприл О'Нил, которая теперь работает археологом. Она рассказывает Леонардо о том, что произошло за время его отсутствия: Дон теперь работает удалённо через интернет, Майки подрабатывает на детских праздниках, а Рафаэль целыми днями спит, а чем занят ночью — неизвестно. Однако зрителю дают понять, что Раф занялся тем же, чем когда-то занимался его лучший друг Кейси Джонс — стал Ночным Всевидящим, грозой преступного мира. Что касается Сплинтера, то он был очень расстроен, понимая, что без Лео стало тяжелей.
Лео не выдерживает и заканчивает своё путешествие, чтобы вернуться и расставить в семье всё на свои места. Братья и учитель рады его возвращению. Однако Раф поднимает бунт, и это едва не сто́ит Леонардо жизни.
В это время Макс Винтерс, начальник Эйприл, выпускает генералов, заточённых в камень на 3000 лет. Под предводительством Генерала Агилы воины ищут 13 монстров, чтобы снова стать обычными людьми.
Макс относится к генералам как к братьям, и верит, что у них одинаковая цель — обрести свободу, но у тех свои планы…