Просто имеет смысл различать базис (реальность) и надстройку (наши представления о ней, включая научный метод со всеми его абстракциями). И если мы берем иной базис (реальность, в которой существует магия), то утверждать, что для него надстройка окажется той же - это так... обывательски...