Нижеследующее - читательские измышления для автора и моего склероза, мимопроходящие могут вынести спойлеры.
Вы предупреждены.

Идея не самая свежая, вариации на тему уже попадались. Более того, уважаемый автор, нового или особо оригинального раскрытия темы здесь не случилось.
Формат подачи ясен: работа такая, есть отделы, есть начальник с большой буквы, и у нас тут обработка легенд о сотворении мира в канцеляр-стиле - хорошо, понятно, юмор прослеживается. А дальше?
Когда берётся уже раскрученная в таком ключе идея, переписывать её стоит, лишь добавив новый поворот, неожиданную деталь или свежий взгляд.
Забавно, но довольно скучно. К сожалению, ничего больше не могу сказать.

Порция свинства традиционного:

>>>- Они? — презрительно скривился Помощник

У вас дефис вместо тире в начале строки.

>>>То есть, всё будет очень нескоро.

Лишняя запятая после то есть.

>>>— Они погибнут. Все. — мрачно произнёс тот.

Запятая после Все вместо точки. Или любой другой знак, но точку перед авторской речью не ставят, тем более там дальше глагол со значением высказывания.

>>>… — Вот так, — произнёс Главный Инженер, обращаясь главным образом к себе.

Отечественной пунктуации попросту неизвестна пунктограмма, которую вы составили в начале строки. И нет, это не объясняется замыслом, творчеством и авторскими знаками. Это многоточие перед тире вообще ничем не объясняется.

>>>Какие-то существа, с очередного объекта, сколько их ещё впереди, а он вдруг так проникся...

Лишняя запятая после существ.

В любом случае спасибо и вдохновения вам.