Ну, АТ-поле Ангела может быть нейтрализовано как раз "Евой". Можно использовать её как приманку, какое-то ограниченное время буксировать за кораблем, а после того как она нейтрализует поле Ангела, сбросить торпеду, которая затем наводится на ядро. Это, конечно, риск, но сбрасывать двухтонную бомбу на пытающегося залезть на корабль с "Евой" Ангела риск не меньший.
Кстати, если в нашем мире есть противолодочные торпеды с ядерной БЧ, то в мире "Евангелиона" могут существовать торпеды с N2 БЧ. А это не менее серьёзно, чем противобункерная бомба.