Ну, если не ошибаюсь, нападение Гагиила произошло недалеко от берегов Японии, а, значит, выключенную "Еву" можно было бы (теоретически) буксировать до порта, а там бы её уж как-нибудь вытащили. Хотя такой "заплыв" вряд ли бы пошел ей на пользу.

В любом случае автор здесь Вы и Вы в своем праве. Наличие же таких специфических боеприпасов можно объяснить тем, что сопровождение "Евы" было не единственной задачей эскадры. Например, данная авиагруппа могла следовать в китайские (или корейские) воды для очередной "миротворческой" миссии, а корабль с "Евой"просто "по случаю" сопровождала до японских берегов. Это бы объяснило и противобункерные бомбы, и сериальное недовольство адмирала (из-за NERVовских "игрушек" его отвлекают от выполнения боевого задания!).