У нас за века было выяснено, что ребенок будет в целом умнее, если с ним учить стишки, развивать мелкую моторику и играть в игры. Это знают, кажется, все девочки (за мальчиков не ручаюсь), и эту информацию узнали не из педагогических вузов. Дает ли это огромные преимущества детям, с которыми занимались? Нет. Но все же учителя в школе сразу видят, с каким ребенком мама дома хотя бы по часу в день занималась, а какой в садике едва рисовать научился. И у этих детей есть разница в оценках, потому что одни лучше запоминают информацию, у них аккуратнее почерк и более ровное общение с учителями и сверстниками. Логично предположить, что и у магов есть какие-то общеизвестные методы воспитания ребенка именно как мага.
В каноне слишком много слепых зон, поэтому мы не можем быть уверены, что дети-маги не имеют преимуществ перед маглорожденными детьми. Ну просто потому что единственная маглорожденная, которая была ярко представлена в книгах, обладает просто пугающей работоспособностью. Тут уж скорее Гермиону Грейнджер можно отнести к статистической погрешности, чем остальных маглорожденных детей. А в защиту того, что чистокровные, дескать, лучше обучаются... Мародеры волшебным образом сделали карту мародеров, выучились на анимагов, гуляли по ночам, задирали Снейпа, но при этом как-то умудрялись хорошо учиться (Поттер вообще был лучшим учеников - как, блин?).
Не думаю, что разница действительно огромна. Но среднее значение порождает слишком большой разброс, и тогда маглорожденные будут в нижней части "среднего", а чистокровные волшебники почти у самого края верхней планки нормальности. Разумеется, если чистокровными детьми кто-то занимался. Даже если настой для улучшения памяти варится из крапивы и садовых улиток, не в каждой семье мать будет варить зелье после работы и скандалов с мужем. А у аристократии домовик просто купит все готовое. Даже если оно варится из того, что можно собрать бесплатно.