Как это не означает? Означает. Меняется тело - полностью и абсолютно. А пахнет именно оно, а не сознание - следовательно, и запах тоже меняться должен.
Что будет, если повредить это новое тело - вопрос другой. Но у нас он тут не стоит - а запах, я полагаю, должен измениться, как и всё остальное. Потому что я не вижу ни одной причины, почему бы вдруг он должен остаться прежним. Это же просто физиология.