Попробую объяснить) Обычно, когда герои в произведениях путешествуют во времени, сюжет может развиваться в двух направлениях: или герой своими действиями меняет своё будущее, или герой своими действиями создаёт альтернативную реальность (при этом его собственное будущее остаётся неизменным). Автор пошёл по второму пути.
Теперь подробнее. Изначально в этом фанфике была только одна реальность - реальность Гарри. Назовём её изначальной. Это та история, которая знакома всем, кто читал книги или смотрел фильмы. Когда Гарри перемещается назад во времени, он попадает во всю ту же изначальную реальность.
Однако Гарри, заставляя Тома меняться в лучшую сторону, невольно создаёт альтернативную реальность. В этой альтернативной реальности Том не становится монстром Волдемортом, не волнуется о пророчестве (так как в альт. реальности Том не стал тёмным лордом, то и пророчества не существовало), а значит, он не преследовал Поттеров, а значит, в альт. реальности радостно и счастливо жил со своими родителями Гарри Поттер. Собственно, об этом "альтернативном" Гарри и идёт речь в конце предпоследней главы.
Настоящий же Гарри, возвращаясь в будущее, возвращается в СВОЁ будущее, не альтернативное. То есть он вернулся туда, откуда он пришёл: где у него нет родителей, где только что закончилась магическая война, где все ещё помнят Тёмного Лорда, который уже как полгода мёртв.
Том, который приходит к Гарри в конце фанфика, - это Том из альтернативной реальности. НЕ Волдеморт, которого убил Гарри. А именно Том. Том, который мог бы стать Волдемортом, но не стал.
Надеюсь, я немного прояснила)

Добавлено 15.10.2018 - 10:08:

Да, я тоже считаю, что Гарри тут очень даже правдоподобный. О молодом Томе мало что известно, но я могу представить его таким, как в фанфике)