Ну тупооой этот Слизерин, ну тупооой.
Можно придумать несколько маркеров, по которым василиск мог опознать наследника в Томе, но не в Гарри: через кровь, через некие особенности личной магии, да через факультет хотя бы. А призраку уже мог подчиняться по старой памяти.