Bulsara, если я правильно поняла задумку автора, суть тут даже не в том, что она ему не признавалась в любви. Просто тогда б он ее прикончил еще раньше. У Снейпа на фоне постоянного шпионажа крыша съехала еще при Дамблдоре. Одного злодея прикончили, надо же чем-то заниматься дальше. А тут Гермиона подвернулась. Или же просто шизофрения.
Ее признание послужило катализатором - миссия завершена, пора действовать. И темной магии тут никакой нет, а чем они занимались за закрытыми дверями, понятно.
Ну, это мое субъективное мнение. Возможно, я ошибаюсь. Я поняла этот фанфик так. Другая версия в голову не приходит.