Потому что, как правило, все действительно объясняется комплексами, страхами и детскими травмами. И модель поведения человек выбирает именно под воздействием этих самых комплексов, хотя, конечно, и не осознает это. Какую выгоду могло Северусу принести ублюдочное поведение по отношению к детям? Или вспыльчивость? Или нелюдимость? Никакой абсолютно, такое поведение только препятствует счастливой жизни. Логика "Меня должны уважать, поэтому я буду всех запугивать, ведь иного способа получить уважения для меня нет" как раз сигнализирует о большом количестве комплексов в человеке.

По вашим пунктам:
1) "У того же Гарри или Люпина жизнь проще?" - не берусь сравнивать, но детство Северуса действительно хуже просто потому, что оба его родителя были живы, но при этом любовью его мягко говоря не баловали. И жить в семье нищего отца-абьюзера не то же самое, что жить с зажиточными буржуа тетушкой и дядюшкой, которые относятся к тебе, как к прислуге. Поэтому Северус вырос озлобленным, а Гарри только неуверенным в себе. У Люпина и вовсе нормальная семья была, хотя он и вынужден был сидеть дома.
2) "Звали его так только Джеймс Поттер и Ко, прочее – фанон" - а этого недостаточно, вы считаете? К тому же, мы знаем, что мародеры были популярны в школе. Как думаете, остальные ребята не подхватили кличку Северуса? Даже Лили, чтобы задеть его побольнее, именно так его назвала.
3) "Если не про детство, то такое отношение не возникает само по себе" - В каноне ясно прописано, что Снейп не был популярен в школе. И его дружба с будущими Пожирателями явно не напоминала теплые отношения между Гарри, Роном и Гермионой. А взрослый Снейп, естественно, сам отпугивал от себя людей. Но не думаю, что только лишь потому, что ему нравилось чувствовать себя изгоем. Просто по-другому не умел.
4) "Вся привлекательность располагается в голове. И у "непривлекательного", и у тех, кто с ним общается" - это девиз каждого снейджера) Но если объективно посмотреть на канонного Снейпа, там действительно нечем увлечься, увы: сальные волосы, жирная кожа, крючковатый нос, насмешливо скривленные тонкие губы, злобный неулыбчивый вид, дурной характер - это вовсе не женский идеал, знаете ли. В фаноне мы Снейпа наоборот всячески приукрашаем, не концентрируясь на недостатках.
А недооценивают его все, кроме Дамблдора и Вольдеморта, по-моему. На все хорошее, что он делает, никто не обращает внимания. Его постоянно подозревают в предательстве - причем обе стороны. Главная троица постоянно обвиняет его во всех грехах, несмотря на его вечные попытки их спасти. Но, главное, сам Северус тщеславен и чувствует себя недооцененным, вспомните хотя бы как его прельщала идея получить орден Мерлина за поимку Сириуса.