"А вот с флакончиком номер не проходит: если бы он наполнялся по новой - Гермиона увидела бы это и прошла следом за Гарри."

Да с чего это? Тот же Квиррел мог пройти и без флакончика, используя магию, это раз. Тогда флакончик нетронутый был бы.
Второе - Флакончик мог наполнится не сразу, а через несколько минут. когда уже Гермиона убежала бы за помощью...
И третье - флакончик мог наполнится через несколько секунд, но та же Гермиона - не супермозг и супевнимательность, она могла этого просто не заметить.
А скорее всего - это тупо недодумка Роулинг, а мы тут баталии устраиваем...=)