Проверьте сами по книжке. 4 том, разговор Гарри с Сириусом о Каркарове.

Логично предположить, что Метка в неактивном состоянии могла быть скрыта и незаметна. Вон Снейп в конце 4 кн. рассказывает о Метке Фаджу - и для того это, похоже, новость.
Ещё до падения Лорда Минмагии арестовало Долохова, Малсибера, Трэверса и убило Розье - и что? Их даже не обыскали? А ведь в те времена Метки ещё не побледнели, как после Хеллоуина, когда в руках у Министерства оказались десятки ПС. Опять же Сириус был осужден без метки - но такая странность даже не обсуждалась.
Вывод: не знало Минмагии о метках, не искало их и не видело.