Исходя из соотношения маги/магглы, набор рецессивных генов. Также есть возможность, что генетика вообще рядом не лежала с магией, но тут говорить уже не о чем.

Такое же исключение, как и магглорожденные. В каноне полукровки и дети от неволшебников - в меньшинстве.

Не владеет магией на достаточном уровне, чтобы быть принятой в Хогвартс.

Салтычиха не объединялась с другими помещиками, чтобы отстреливать крестьян. Не было в реальном мире "чернь разносит болезнь и ее нужно уничтожать" на политическом уровне. Обычно было наоборот.

Вроде три поколения волшебников, нет? Дети Гарри и Джинни - чистокровные, а Рона и Гермионы - полукровки, по канонической классификации.

Так вроде был министр магии маглорожденный.

Основной конфликт, как вижу его я, учитывая идею Равена, высказанную тут выше в комментариях:
1) Маги со своим несовершенным обществом просрали все полимеры, ведь знания - это сила, а знания были утрачены.
2) То, что маги стали слабее - объективная реальность, и чтобы объяснить это явление, была выдвинута теория, что магглорожденные крадут магию. Скорее всего эта теория получила распространение после войны с Гриндевальдом, во время вспышек драконьей оспы.

Серьезную мотивацию получают чистокровные (священная война ради очищения магии, а не резня just4lulz), Риддл мог бы таким образом добиваться объединения чистокровных семей, следовательно, возрождению древней магии, параллельно мстя магглам.

Очень гармонично в такой мир бы вписался и Дамбигад, и Дамбигуд, и Дамбитуп. Маленькая победоносная война, чтобы подстегнуть развитие волшебного мира ради всеобщего блага.
Сириус в Азкабане не для того, чтобы маленькому Гарри насолить, а чтобы через некоторое время знания семьи Блэк стали общедоступными. И его можно понять, ведь альтернатива - смерть магии. Или наоборот, ДДД весь из себя такой инквизитор, и придумал проэкт "Волдеморт" чтобы уничтожить древние чистокровные семьи.

Ставки высокие, поэтому антогонисты оправданные. Бесит, что в каноне, что в фаноне неоправданные Дамблдоры-фанатики Светы, Снейпы, ненавидящие Гарри за отца, Риддлы злые потому что такими родились, трусливые и тупые Фаджи потому что... А нет объяснения, кроме как "волшебники тупыыыыые", а объяснение, почему именно они тупые - тоже нет.

И как бы себя прекрасно чувствовал !умникГарри в таком мире. Изучать новую враждебную для себя среду, изучать мотивы своего врага, чтобы ударить побольнее. Копить знания, искать союзников, находить древние сокровища. Ух, приятно то как, пойду реквест напишу.