Это получается: в отделе Транспорта в министерстве кто-то действовал под видом одного из пропавших на самом деле сотрудников? И только после смерти Сигнуса Блэка закончились странные сбои?
Похоже на то, что цель была у всей этой истории, некая, пока неясная. И, пока эту цель достигал некто, этот некто развлекался вот такими сбоями - заодно осваивал управление системой.
Хотели угробить Сигнуса Блэка?
Или наоборот - похитить его живым и целым, и при этом чтобы он попал туда, куда было нужно похитителям?

А труп Сигнуса вообще был? Его кто-то видел? И если был - был ли это труп именно Сигнуса - волшебники вполне могли трансфигурировать что-то и выдать трансфигурированное на настоящее.
Всё совершенно непонятно.