"Может кому-то покажутся мои моральные принципы неправильными, но мне как-то кажется - не можешь отдать сейчас долг, подожди, пока такая возможность появится. Но терпеть унижения, рисковать собственным здоровьем - дудки!"

Лапина терпеть не может состояние, когда она обязана - в фике уже упоминалось это. Она, например, не могла поверить в то, что Карл ради нее отказался от возможности наладить связи на факультете. Ей в принципе претит сам факт того, что кто-то сделал что-либо ради нее, т.к. уверена, что ее попрекнут этим при любом удобном случае и напомнят, какая она неблагодарная.
Что же касается Снейпа, то он уже давно разочаровался в людях, не верит в дружбу и бескорыстие (в общем, Лапина недалеко ушла от него в этом отношении). Он уверен, что его окружают тупые и неблагодарные бездари, и Лапина, по его мнению, входит в их число: получила от него помощь и слиняла, как только ей эта помощь перестала быть нужна (остаток от былой дружбы с Лили, который он переносит на Лапину, ведь Лили для него святая, недостижимый идеал). И потому Снейп уверен, что долг нужно брать быстро, когда должник еще в зоне досягаемости и не успел откреститься от своих обязательств.
Ведь вместо того, чтобы просто учиться и ждать указаний от декана, эта девчонка посмела втереться в доверие двум красивым молодым богатым чистокровным волшебникам (снова удар по самолюбию Снейпа). Тем более что после Хога Лапина все равно собиралась валить куда подальше при таком отношении, в этом времени у нее своего Отечества как бы и не было.

"К тому же, в начале у меня сложилось впечатление, что Лапина более здравомыслящая, чем показано далее."

В начале повествования Лапина приспосабливается к ситуации, ей важно показать себя компетентной. Ей довольно легко выработать модель поведения со Снейпом, когда они только вдвоем. У них много схожих черт характера + Лапина все-таки немного превосходит Снейпа с социально-бытовом отношении + она от него зависима и потому предпочитает молчать и выполнять его правила, довольно простые (Гермиона на ее месте могла бы уже раскричаться о несправделивости, угнетении магглорожденных и т.д.) - здесь достаточно посмотреть ИМХО на их разговор о Салазаре Слизерине.
А вот уже в Хогвартсе, где Лапина встречается с большим количеством людей и вынуждена решать более сложные проблемы социального характера, ее шаблонов социально-бытового характера уже не хватает. Мало того, немало ее проблем тянется из прошлого. Ей сложно определить, где ей говорят правду, где намеренно льстят, а где нарочно втаптывают в грязь (соответствующий разговор с КШ и АФ в 25 главе), потому что выслушивать о себе всякие пакости вроде как неприятно, но в будущем/прошлом ее приучили не доверять положительным отзывам о себе, т.к. они всего лишь льстят самолюбию. Опять же, всеобщая враждебность, ощущение собственной никчемности, ущербности и т.д. Лапина не может и не хочет бороться с системой, тем более что у нее есть отрицательный пример в виде Грейнджер, так что ей проще плыть по течению.