"Как тогда маги летают на метле? Если магэфир так убывает с высотой?"

Во-первых, у мага есть собственное ядро, с помощью которого он поддерживает метлу в полете. Есть наверняка и свой заряд у метлы. Кроме того, заметьте, на метлах летают на относительно небольшие расстояния. Взрослые волшебники и вовсе предпочитают пользоваться каминами и аппарацией.

"В таком случае закономерность территориального распределения магии была бы замечена и толпы магов селились бы на этих местах, а "обретённые" составляли ясную картинку корреляции способностей и места рождения. В принципе, в каноне не говорится, что это не так, но нет никаких упоминаний о такой зависимости.
Хотя вариант с источниками мне тоже кажется очень привлекательным."

Вообще-то мы имеем такие концентрированные поселения - Хог, Хогсмид, Косой переулок, Годрикова лощина, Оттори-Сент-Кетчпоул (где неподалеку живут Уизли, Лавгуды, Диггори). По слухам, вокзал Кинг-Кросс находится на каком-то важном месте из истории короля Артуру и Мерлина.
Что касается магглорожденных волшебников, то в каноне не указывается, где именно они родились, где жили их родители, были ли среди предков волшебники. Гермиона гордо заявляет Слизнорту, что она 100% магглорожденная в ответ на его родстве с Дагворт-Грейнджерами, но ведь она так могла ответить только из принципа, не зная наверняка.
Если в маг. мире негативно относятся к сквибам (Блэки своего изгнали, Невилла трясли до посинения, и в воду бросали, и с лестницы спускали), то логично предположить, что многие сквибы перебрались в маггловский мир и стали жить, как магглы, тем более что еще несколько десятилетий назад не требовалось иметь при себе паспорт, аттестат об образовании и т.д. Соответственно, проживание вблизи концентратора магии могло спровоцировать появление на свет волшебника.