Наверное, все таки Гарри Поттер-Малфой, но лорд Поттер.
А Драко, если станет лордом, будет Малфой-Поттер, лорд Малфой.

Хотя готова рассмотреть все мнения читателей, вопрос для сюжета не принципиальный. Потому что тогда непонятно, как детей звать - Поттер-Малфой или Малфой-Поттер?

Если рассуждать чисто гипотетически, можно взять такой вариант: наследник Гарри - Поттер-М., наследник Драко Малфой-П., следующие - также, и все должно быть прописано в брачном контракте.
Старший сын - наследник Поттеров, т.к. Гарри уже лорд, а Драко - пока только сын лорда, сам наследник рода, хотя отношения в браке и зафиксированы на принципах паритетности. Но окончательное решение за магией рода - она должна признать наследника.