Вот как ответить на такой вопрос, чтобы было понятно, если в каждой отдельной ситуации причина для той или иной мысли и реакции своя?
Но в общем - Снейп симпатизирует Поттеру и его раздражение или неудовольствие каким-то поступком или действием Поттера может быть вызвано либо заботой о нем, либо подспудной ревностью, либо просто констатацией факта, что Гарри не идеален и может вести себя глупо. К тому же Северус не собирается всему миру заявлять о своих чувствах и симпатиях, в первую очередь, в целях конспирации. А это тоже накладывает определенные рамки даже для мыслей. Мы же помним, что Снейп не нежная фиалка, у него в общем-то скверный характер, и он от проснувшихся чувств не стал сразу пускающим слюни идиотом. От того, что мы любим человека, мы не становимся слепыми и по-прежнему видим его недостатки. Так вот Снейп на все реагирует так, как привык за почти 40 лет своей жизни.Где-то так.
Если интересует конкретный случай - спрашивайте, поясню.