По моему вы не откопали причину, а просто придумали её... ну и натянули сову на глобус. Извините меня, Гермиона - основной женский персонаж, игнорить её глупо.

Мне кажется, Вы излишне усложняете. Тетя Ро, все же, писала детское фэнтези, а не манифест в духе Чернышевского.
Мальчики читают ГП. Естетвенным образом они ассоциируют себя с главным герроем. По законам жанра героического фэнтези (пусть и детсткого) герою необходима Верная Подруга. Ну и какие тут есть варианты? Гермиона наиболее проработанный женский персонаж. Другие девушки, та же Луна, могут быть интерсны, но им уделено куда меньше внимания. Да и на роль Настоящей Боевой Подруги Героя они не годятся. А герою фэнетзи нужна имено Боевая Подруга, такая, чтобы плечом к плечу, спиной к спине, через все опасности вместе... ну, вы поняли. А тут кандидат только один. Верная боевая подруга - один из популярных и притягательных для мальчиков образов. Отсюда и любовь многих читателей-авторов фиков к Гермионе.

Теперь о девочках. Девочки читают ГП. Понятно, что с героем-мальчиком им ассоциировать себя сложнее, да и девочкам, как правило, интерсно в книгах немного другое. Поэтому они ассоциируют себя с Подругой Героя. По тем же причнам проработанности персонажей, это Гермиона. некоторым она нравится как есть. Но обычно романтичным девочкам хочется еще и почувствовать себя принцессой, а не боевой подругой. И тут образ гермионы не дает желаемого - пренебрежение к своей внешности, низкое грязнокровное происхождение, ботаничность, постоянно два каких-то лузера рядом... не прынцесса, короче. Но других вариантов то нет! Приходится работать с тем, что есть. Отсюда огромное количество девчачьих фанфиков, в которых Гермиона, внезапно, оказывается самой-самой чистокровной, стильной, со сногшибательной внешностью и т.д. и т.п. Туда же истории в духе "Гермиона уехала в Шармбатон и стала настоящей леди, все аж ахнули." Плюс еще оттуда же популярный сюжет "золушка и принц". На роль принца обычно приходится брать малфоя, но что делать, тетя Ро других принцев не завезла.
В общем, поклонников гермионы, имхо, среди девушек значительно меньше, чем среди мужчин. Ее часто ненавидят незамутненной женской ненавистью в духе "заучка, стукачка, лахудра". Мне кажется, ненавидят именно за это непростительное несоотвтествие образу прекрасной принцессы. А те девочки, кто, в целом, хорошо к ней относятся, стараются "исправить" ее в своих фанфиках.
Разумеется везде есть исключения. И разумеется все - имхо.