Во-первых, он сам захотел стереть память. То есть фактически, он мог оставить их и жить дальше, зная о Тайне. Были в таком случае люди недовольные этим - уже другой вопрос.
Соответственно, главное проблема Большого Брата не том, что может все узнать\вспомнить, а в том, что герой пытаясь понять, что происходит может наломать дров. И очень много. И именно в процессе.

Во-вторых, внутри Большого Брата тоже могут быть собственные противоречия. Одни могу считать, что герой должен обо всем помнить, другие этого не хотят. Третьим все пофигу.
А возможно, Большой Брат изначально не собирается ничего делать до точки Х. Да, и герой вряд ли будет трубить всем, что сходит с ума.

В-третьих, это уже мой хэдканон, в котором игры с памятью и разумом плохо заканчиваются. Стирание и коррекция памяти в большей степени могут привести со временем к серьезным сдвигам по фазе. В общем, в играх разума последствия могу быть совершенно неожиданными. Поэтому, обычно с этим не спешат.

В общем, навскидку назвала три варианта. Если бы писала сама, то использовала бы все это вместе в той или иной степени.