Реакция Афинской Академии, где сохранялся «канонический» неоплатонизм в стиле Явмлиха, была бурной. Еще ранее афинские профессора Дамаский и Исидор поливали грязью реформатора Александрийской Академии Аммония Гермия, называя его отступником от истины, корыстным и продажным изменником. Работы Филопона, отвергавшего вечность материи, подрывали самые основы канонического неоплатонизма. К тому же они играли на руку христианской церкви, а последнее поколение афинских неоплатоников отличалось лютой ненавистью к победившему христианству. Дамаский открыто критиковал христианство, навлекая на Афинскую академию угрозу закрытия. Но это не смущало Дамаския. Он оставался верен идеям Прокла. Мировой процесс, мыслимый как круговращение и вечный возврат, есть для богов Прокла предмет их смеха. Победа христианства и прекращение почитания богов есть явный знак того что очередной мировой цикл завершается, и скоро мир сгорит в очередном мировом пожаре. Так стоит ли заботится о сохранении Академии и ее традиции?

Против Филопона выступил Афинский профессор Симплиций Киликийский. Симплиций отличался широкой эрудицией в математике и астрономии, его трудам мы обязаны спасением работ многих античных ученых, оригиналы которых утрачены. Но Симплиций был приверженцем концепции Явмлиха, взгляды древних философов, систематизированные неоплатониками, имели для него значение священного предания. В полемике с Филопоном Симлиций выступил в догматическом духе. Симплиций называет Филопона «представителем новомодной болтовни» (под которой неприкрыто разумеется христианство), чей платонизм поверхностен, в силу чего он не может понять глубокой согласованности и непротиворечивости учений Платона и Аристотеля.

Конец полемике положил другой «представитель новомодной болтовни» - император Юстиниан. Ознакомившись с трудами Филопона, Юстиниан понял, что в Александрии перекинут прочный мостик между христианством и античной наукой, и теперь можно разделаться с афинскими фрондерами, не опасаясь «выплеснуть ребенка вместе с водой». Юстиниан конфисковал имущества Афинской академии и запретил преподавание полного ее курса (то есть – явмлиховского неоплатонизма с теургией и оккультизмом). Наоборот, Александрийская Академия во все правление Юстиниана пользовалась неизменным покровительством императора, не смотря на то что во главе ее во все царствование Юстиниана стояли язычники – сперва Евтокий Аскалонит, а затем Олимпиодор Младший.

В пресловутую «эпоху Просвещения» закрытую Афинскую академию оплакали как последний факел светлого античного знания, погашенный христианским мракобесием. Роль же, да и само существование поздней Александрийской Академии старательно замалчивались. Не то было в эпоху Ренессанса. При прочтении двух главнейших произведений Галилея – «Диалог о двух главнейших системах мира» и «Беседы», после издания которых Галилея и потащили в святую инквизицию, очевидно, что все главнейшие аргументы, выдвигаемые оппонентами Галилея против гелиоцентрической системы и в пользу неподвижности Земли были основаны на теории движения Аристотеля. И именно эту теорию Галилею прошлось разгромить. При этом Галилей совершенно очевидно ориентируется на уже известные в ренессансной Италии труды Филопона, и неоднократно ссылается на Филопона в своей работе «О движении». А в двух вышеуказанных судьбоносных произведениях, построенных в форме платоновского диалога, своего оппонента Галилей называет….. Симплицием. И с сарказмом обращается к нему: «однако, синьор Симплиций, выдвигайте доводы, свои или Аристотеля, а не ссылайтесь на тексты или авторитеты, ведь наш разговор - о чувственном мире, а не о бумажном».

Победа христианства и прекращение почитания богов есть явный знак того что очередной мировой цикл завершается, и скоро мир сгорит в очередном мировом пожаре. Так стоит ли заботится о сохранении Академии и ее традиции?

Богословские взгляды Филопона (тритеизм и монофизитство) были преданы анафеме на Константинопольском соборе 680—681 и игнорировались последующие 600 лет. В XIII веке работы Филопона были открыты заново и оказали влияние на арабов, латинский Запад, мыслителей Возрождения